Balyoz darbe planında ismi geçen Gafur Paşa'nın, dönemin İstanbul Merkez Komutanı Tuğgeneral Gafur Aksu olduğu öne sürüldü.

O dönem Aksu'nun emrinde görev yapan ve ismini açıklamak istemeyen bir Türk Silahlı Kuvvetleri (TSK) mensubu, 'Gafur Paşa'nın Aksu olduğunu iddia etti. Aynı kişi, Aksu'nun Ergenekon sanığı Sevgi Erenerol'un davetlisi olarak Türk Ortodoks Patrikhanesi'ndeki toplantılara katıldığını da ileri sürdü. Ergenekon sanığı Sevgi Erenerol'da soruşturma kapsamında çıkan belgeler de bu bilgiyi teyit eder mahiyette. Polisin patrikhanede yaptığı aramada çıkan belgelerden birinde, Erenerol'un patrikhanenin 81. kuruluş yıldönümü nedeniyle davet ettiği isimler arasında Gafur Aksu'nun da adı geçiyor. Aksu, 2002 yılında İstanbul Emniyeti'ne yazdığı 'nota gibi' bir 'gizli' yazıyla gündeme gelmişti. Yazının sebebi, bir banka soygunu nedeniyle arama yapan polislerin, sivil askerlerin içerisinde yer aldığı minübüsü aramasıydı. O sırada İstanbul merkez komutanı olan Aksu, 'Polislerin asker kişilere davranışları hakkında' başlıklı 'gizli' ibareli yazıda, Emniyet'e "Dikkatli olun" uyarısı yapmıştı. Levent İş Bankası soygununun ardından sivil plakalı bir askerî aracı durduran polisler, içindekileri bir süre gözaltına almıştı. İstanbul Emniyet Müdürlüğü'ne gönderilen yazıda, gelecekte bu tip olaylara maruz kalınması halinde askerî personelin yasal haklarını korumak için daha değişik davranışlarda bulunabileceği uyarısı yapılmıştı. Bu nedenle meydana gelebilecek üzücü olaylara karşı gerekli önlemlerin alınması istenmişti.

Aksu, Balyoz planında da yine polislerle ilgili ifadeleriyle dikkat çekiyor. 'Gafur Paşa' olarak zikredilen Aksu, şunları söylüyor: "Komutanım, seçimlerden sonra gazetelerde şöyle bir haber geçti kırıntı gibi bilmiyorum. Arkadaşlardan da okuyan var mı, ben okudum. Tayyip'i tebriğe gidenlerin arasında çok sayıda emniyet mensubu olduğu. Komutanım, valiler toplantısında kararnameden sonra İçişleri Bakanlığı'ndaki toplantıyı biz basına yansıyan kadarıyla namaz kılma olayları bu kadrolaşma Abdülkadir Aksu'nun bilinen şeyleri zaten..."