Turk Tarih Kurumu Başkanı Prof. Dr. Yusuf Halacoğlu Osmanlı Ermenileri konferansının baştan yanlışlıklar icerdiğini belirtti. Halacoğlu konferansa sadece Ermeni tezini savunan bilim adamlarının cağrılmasının bilimin objektiflik ilkesine ters duştuğunu kaydederek konferansın ideolojik bir boyut kazandığını savundu. Halacoğlu “Universite gibi bilimsel bir camiada bilimsel olmayan boyle bir konferansı duzenlemeyi duşunmek bile bir talihsizlikti. Amerika’da Irak’ta soykırım yapıldı diyebilir misiniz? Fransa’da Fransa aleyhine konuşabilir misiniz? Ben İsvicre’de Ermeni meselesi hakkında goruş belirttim. Olanlar meydanda. Bunlar hakkında soruşturma acılıyor mu? Konferans ertelendi demek ki bu insanların cekinceleri var zira haklı bir şey asla ertelenmez. Hangi devlet kendi kendine ihanet eder?” dedi. Gazi Universitesi Fen Edebiyat Fakultesi Tarih Bolumu Başkanı Prof. Dr. Semih Yalcın “İsteyen herkes fikir beyanında bulunabilir. Fakat fikir beyanı sorumluluk gerektiren bir hadisedir. Boyle bir konferans kesinlikle tek taraflı olacaktır.” dedi. Ankara Universitesi Dil ve Tarih Coğrafya Fakultesi Tarih Bolum Başkanı Prof. Dr. Musa Cadırcı ise konferansın tek taraflı goruşler taşıyan insanlardan oluşmasının doğru olmadığını; fakat konuşmalarının dinlenmesi goruşunde olduğunu belirtti. Cadırcı “Bu insanların zaten ellerinde bilimsel pek fazla bir şey yok. Konuşmaları beklenip ne diyecekleri oğrenilmeliydi. Boyle şeylerden korkmamak gerekir; cunku gercekler asla saklanamaz.” diye konuştu.