Simon Çekem, Danıştay Başkanlığı’na verdiği dilekçede “Demokrasiye, hukuka, Anayasa’ya, uluslararası sözleşmelere, Lozan Antlaşmasına, Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi ve mahkeme kararlarına, Vakıflar Kanununa ve diğer yasal mevzuatlara aykırı olduğundan yönetmeliğin iptaline, bu hukuka aykırı yönetmeliğin uygulanması halinde giderilmesi güç ve olanaksız zararların doğacağı göz önüne alınarak yürütmenin durdurulmasına, yargılamanın duruşmalı yapılması” talebinde bulundu.

Çekem, yönetmelikte yer alan adayların seçim bölgelerinde ikamet etme zorunluulğu ile ilgili olarak "Bu durum vakıfların vakfiyesine aykırılık teşkil etmektedir. Çünkü her vakfın güvence altına alınan bir vakfiyesi ve amacı bulunmakla birlikte bu amaç doğrultusunda vakfın ne şekilde yönetileceği belirlenmiş olmasına rağmen bu durum gözetilmeksizin vakfın vakfiyesine aykırılık teşkil edecek şekilde yönetmelik düzenlenmesi hukuka, demokrasiye, Anayasaya, uluslararası sözleşmelere, Lozan Antlaşmasına, AİHM kararlarına aykırıdır. Vakıflar Bölge Müdürlüğünün görevi seçimin yasalara uygun yapılıp yapılmadığının denetimi olması gerekirken, bu yönetmelik ile Vakıflar Bölge Müdürlüğüne demokratik kurallara aykırı bir şekilde atama yetkisi verilmiştir. Yani Bölge Müdürlüğü istediği taktirde seçimle yönetime gelen kişileri dahi hiçbir denetime tabi olmadan görevlerine atama yapmayacağı gibi görevlerine son da verebilecektir. Ancak kabul edilmelidir ki Vakıflar Bölge Müdürlüğünce; seçim usulünün ne şekilde ve hangi şartlar altında yapılacağına ilişkin müdahalesi ve yetkisi söz konusu olamaz” ifadelerine yer verdi.

Çekem önümüzdeki yıl yapılması öngörülen hastane vakıfları seçimleri için ise şu ifadeleri kullandı: “Azınlık vakıfları uluslararası anlaşmalarla da statüsü belirlendiği gibi bir bütündür, idarenin azınlık vakıflarını bölme gibi bir inisiyatifi bulunmamaktadır. 5737 sayılı Vakıflar Kanununda da belirtildiği üzere hastanenin de cemaat vakfı kabul edilerek ayrı bir sisteme sağlık bakanlığına bağlanması mümkün değildir. Aksi halde Vakfa bağlı azınlık okulların durumu ne şekilde olacaktır? Azınlık okullarının da MEB ile mi görüşmesi gerekecektir? Kaldı ki hukukun temel ilkelerine, demokrasiye, uluslararası antlaşmalara, Lozan Antlaşmasına, AİHM kararlarına göre statüleri kabul edilmiş vakıfların statülerinin değiştirilmesi söz konusu olamaz. Bu durumda hastane vakfının hastane olması sıfatıyla Sağlık Bakanlığı görüşü sebep gösterilerek ayrı işleme tabi tutulması tamamıyla Lozan Antlaşmasına, AİHM kararlarına, Anayasaya aykırı olmasının yanı sıra seçimlerden ayrı tutulması bile yönetmeliğin iptalini gerektirecek başlı başına bir husustur. Bunun yanı sıra Lozan Antlaşmasına aykırı olarak eşit statüdeki vakıflara farklı işlem uygulanması da eşitlik ilkesine ve diğer ilkelere de aykırılık teşkil ettiği yadsınamaz bir gerçektir” ifadelerini kullandı.Çekem başvurusunda "Anayasanın 13. Maddesinde de belirtildiği üzere temel hak ve hürriyetler özlerine dokunulmaksızın yalnızca kanunla sınırlandırılabilir. Oysa azınlık cemaatinin bir mensubu ve Beyoğlu Üç Horan Ermeni Kilisesi Vakfı başkanı olarak Anayasa, uluslararası antlaşmalar, Lozan Antlaşmasına ve AİHM kararlarına da aykırı olarak yönetmeliğin seçme ve seçilme hakkımıza ihlal niteliğinde olmasının yanı sıra yönetmelik ile temel hak ve özgürlüklerimize sınırlandırma getirilemeyeceği kanaatindeyim" dedi. Azınlık Vakıfları Seçim yönetmeliği çeşitli açılardan eleştirilerin odağında olmuş ancak Ermeni, Rum ve Yahudi vakıflarının büyük kısmı eksiklerine rağmen 9 yıl sonra yayınlanan yönetmelikle seçime gitme tutumunu benimsemişlerdi. Beyoğlu Üç Horan Kilisesi yönetimi 2012 yılında tartışmalı bir seçimle göreve gelmişti. Geçtiğimiz yıl Türkiye Ermeni Patrikliği yönetici sayısı iki kişiye kadar düşen vakıf yönetim kuruluna diğer vakıf yönetimlerinden bir heyet atanması için Vakıflar Genel Müdürlüğü ile temasa geçmiş, ancak sürecin sonunda Üç Horan Vakfı Yönetimi göreve devam etmişti.